大师开始在雅隆、桑布等地的萨迦派寺院里学习，依止一些大成就上师学习，之后他的名声慢慢四扬，有越来越多的弟子来皈依投靠，向他请教佛法。大师曾想：我是不是要继续弘扬教法，不应该去闭关吧？他这样想的时候，文殊师利菩萨就现身对他说：“你必须要去深山闭关，要去苦行修学。”此时许多弟子都对大师反复地殷重祈请，说如果大师现在放弃了我们这些可怜众生，那岂不是对教法有所损害吗？宗喀巴大师就再次请问文殊师利该怎么办，因为弟子有这样的请求，如果我突然停止教学的话，是不是会被弟子毁谤，或者让弟子产生烦恼等。文殊师利菩萨回复说：“对教法是有益还是有害，我知道，你们不知道。如果有人骂你、诽谤你，你就修忍辱。”

于是，在文殊师利的指示下，宗喀巴大师就决定带了文殊菩萨亲自点名的“清净八众”弟子，到深山苦行观修。闭关的时候，宗喀巴大师每天只食用少量的糌巴粉而已，也像平常人一样拜十万遍大礼拜，供十万遍曼达拉，以及念十万遍的皈依发心偈颂文，做这种的积资净障的修持。同时也反复地闻思大论典，止观双运地去做观修。最后，逐渐的让自己完全通达了一切深、广的教义，尤其是龙树父子的最究竟的意趣中观正见。